かつて、アユ養殖はウナギと同様に天然種苗を捕獲、養殖場に池入れして育てる方法で行われていました。しかし、1990年代に入り、人工種苗生産が軌道に乗り、産業用に大量生産できるようになると天然種苗の需要は激減、現在では天然種苗と人工種苗のシェアはほぼ拮抗す流水準で推移しています。

計画生産が可能な人工種苗ですが、品質面では天然種苗の評価が高い。それぞれメリットを持ちながら特徴を活かした洋食が行われています。

天然種苗では国内最大の湖である琵琶湖で採捕される種苗がほぼ大半を占めます。「湖産種苗」と言えば「琵琶湖」となるほどに天然種苗、そして「湖産種苗」の代名詞である琵琶湖での稚アユは「ヒウオ（氷魚）」という名称で行政による厳しい資源管理と保全策の下で漁が実施されます。琵琶湖内に設置された「エリ」と呼ばれる独特の定置網での漁を中心に河川でも梁や四つ手網など様々なスタイルでの漁が行われています。